生物有机肥是指特定功能微生物与主要以动植物残体（如畜禽粪便、农作物秸秆等）为来源并经化处理、腐熟的有机物料复合而成的一类兼具微生物肥料和有机肥效应的肥料。
从20世纪90年代开始，我国一些科研单位和企业相继研制和生产一类被统称为“生物有机肥”的产品并投放市场。
由于这类肥料产品研制和生产初衷是集有机肥料和生物肥料优点于一体，既有利于增产增收，又有利于培肥土壤、改善土壤微生态系统、减少无机肥料用量，提高并改善农产品品质，符合我国农业可持续发展和绿色食品生产的方向，这几年得到了快速的发展。
下面我们着重介绍生物有机肥的作用效果和机理：
提高作物产量，改善作物品质
生物有机肥营养物质释放缓慢。以氮素营养而言，多以NH4+或氨基酸形式供给植物，进入植物细胞后无需消耗大量能量和植物光合作用产物，如糖分和有机酸等，直接参与植物细胞物质的合成，故植物生长快，积累的糖分等物质多，自然农产品质量好，且很少有硝酸盐等有害物质污染。在巴戟天的种植中应用生物有机肥，巴戟天的有效成分甲基异茜草素-1-甲醚、醇溶性糖及多糖均有不同程度的增加。
提高土壤肥力，改善土壤理化性质
土壤有机质直接影响着土壤的保肥性、保水性、缓冲性和通气状况等。因此，土壤有机质含量是衡量土壤肥力的一项重要指标，是土壤肥力的物质基础。
施用生物有机肥不仅能补充被消耗的植物养分，而且还能不断提高土壤有机质含量。在烟草的种植中应用生物有机肥，使土壤的有机质含量得到了增加。在苹果园中施用生物有机肥后，有机质含量较对照增加75.8%，土壤容重较对照降低12.50%，毛管孔隙度增加9.8%，可以明显改善土壤结构，增加土壤孔隙度，提高土壤保水保肥和通气能力。
有机质经微生物分解，缩合成新的腐殖质，它能与土壤中的粘土及钙离子结合，形成有机无机复合体，促进土壤中水稳性团粒结构的形成，从而可以协调土壤中水、肥、气、热的矛盾，改善土壤结构，使土壤疏松，耕性变好。
增加土壤向作物提供营养的能力
一般情况下，生物有机肥料中添加有固氮微生物，该类微生物主要通过其中固氮酶的作用，将空气中的N2还原为可被作物吸收利用的NH4+。微生物的固氮效率因土壤条件的不同而有较大差异。
生物有机肥中还添加了一定数量的溶磷微生物和硅酸盐细菌，施入土壤后经增殖并与其它土壤微生物协同作用，可分解土壤中某些原次生矿物，并同时将这些矿物所固定的磷、钾等养分释放出来，把无效态磷、钾转化成可供作物吸收利用的有效态养分，直接被作物吸收利用，提高土壤供肥能力。
减少或降低植物病虫害的发生
生物有机肥具有改善土壤生态环境及土壤微生物区系的作用，在减少作物病虫害发生方面发挥着更为重要的作用。这是因为在生物有机肥中含有多种非病原微生物菌群，在微生物的生长繁殖过程中，具有竞争性抑制作用，并能分泌出多种、杀虫物质及植物生长激素，不但能抑制植物病原微生物的活动，起到防治植物病害的作用，而且能刺激作物生长，使其根系发达，促进叶绿素、蛋白质和核酸的合成，提高作物的抗逆性。
如利用畜牧业废弃物资源研制的生物有机肥对番茄青枯病有明显的控制作用，在连作地对照土壤番茄青枯发生率100%的情况下，腐熟的生物有机肥处理番茄平均发病率46%，方差分析表明，施生物有机肥显著地降低了番茄青枯发生率。
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